Kobo’nun ihanetine uğrayarak kendi ırkından büyük kayıplar yaşayan Sezar, ilk filmin ardından insanlığın barış isteği olmadığını anlar ve savaşa hazırlık yapmaya başlar. Üç yıl sonrasında devam eden “Maymunlar Cehennemi: Savaş,” Sezar’ın liderliğindeki maymunların, önceki olayların izlerini taşıyan çetin bir savaşa girişini konu alır. Sezar, savaştan kaçınmaya çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları yok etmek için her türlü yöntemi kullanır. Sezar, Albay’a boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma giderek tırmanırken, Sezar’ın liderliğindeki maymunlar, hayatta kalma mücadelesi verirken aynı zamanda özgürlükleri için savaşırlar. Albay’ın zalimce taktikleri ve Sezar’ın direnişi arasındaki çatışma, her iki ırkın geleceğini belirleyecek bir yüzleşmeye dönüşür. Şimdi, maymunlar ve insanlar arasındaki bu çekişmenin sonunda hangi tarafın kazanacağı, iki ırkın geleceğini belirleyecektir.