1982 yılında, uzayın derinliklerinde hayatta kalmayı başaran son uzaylılar, Dünya’ya inmeye karar verirler. Güney Afrika’nın gözlerden uzak bir bölgesine yerleşen bu varlıklar, geçmişlerinin izlerini geride bırakıp yeni bir başlangıç yapmak isterler. Ancak Dünya, onlar için düşündükleri kadar huzurlu bir yer değildir. MNU adında büyük ve acımasız bir şirket, bu uzaylıların varlığını fark eder etmez harekete geçer. Şirket, uzaylıların sahip olduğu teknolojik bilgileri ele geçirip büyük bir servet kazanma peşindedir. Bu amaçla, uzaylıları District 9 adı verilen kapalı bir bölgeye hapseder ve onları sıkı bir gözetim altında tutar. Ancak işler, MNU’nun sıradan bir çalışanı olan Wikus van der Merwe’nin beklenmedik bir şekilde gizemli bir virüse maruz kalmasıyla beklenmedik bir hal alır. Virüs, Merwe’nin DNA’sını değiştirir ve onu yavaş yavaş bir uzaylıya dönüştürmeye başlar. Artık ne insan ne de tamamen bir uzaylı olan Merwe, MNU’nun hedefi haline gelir. Hayatta kalmak için District 9’a sığınan Merwe, burada hem kendi varlığını koruma hem de uzaylıların kaderini değiştirme savaşına girişir. Bu zorlu yolculuk, Merwe’yi hem içsel bir dönüşüm hem de insanlıkla yüzleşmeye zorlayacaktır.